原核生物转录的终止有两种机制.一是需要蛋白质因子ρ（Rho）的参与,ρ因子能与转录中的RNA结合,启动ρ因子ATP酶活性,并向RNA的3’端滑动,划至RNA附近时,RNA聚合酶暂停聚合活动,使RNA:DNA解链分离转录的RNA释放种植转录.
另一是在立体系统中发现的,纯化的的RNA聚合酶不需要其他蛋白质因子的参与,可使转录终止,即不依赖ρ因子的转录终止机制,模板DAN在转录终止点附近有特殊核苷酸序列可以形成颈环结构影响RNA聚合酶的构象使转录暂停,DAN与RNA双链不稳定分离,转录终止.