A、由于F1、F2对系统做功之和不为零,故系统机械能不守恒,故A错误;
B、开始时,弹簧的弹力小于F1、F2,两物块加速,动能增加,当弹簧弹力大小与F1、F2大小相等时,M和m受力平衡,加速度减为零,此后速度减小,动能减小,故B错误;
C、由于F1、F2先对系统做正功,当两物块速度减为零时,弹簧的弹力大于F1、F2,之后,两物块再加速相向运动,F1、F2对系统做负功,系统机械能开始减少,故C错误.
D、当弹簧弹力大小与F1、F2大小相等时,M和m受力平衡,加速度减为零,此时速度达到最大值,故各自的动能最大,故D正确.
故选D.