A、用力一按橡皮囊，排出了里面的空气，当其恢复原状时，橡皮囊内部气压小于外界大气压，在外界大气压的作用下，墨水被压入自来水笔内，用到了大气压，不符合题意；
B、用力吸气，吸管内的气压小于外界大气压，饮料在外界大气压的作用下，被压入口内，利用了大气压，不符合题意；
C、抽水机抽水是通过活塞上移或叶轮转动使抽水机内水面上方的气压减小，水在外界大气压的作用下，被压上来，不符合题意；
D、锅炉水位计利用连通器的原理，不是利用大气压来工作，符合题意．
故选D．