主要保护对象为温带森林生态系、自然历史遗迹和珍稀动植物.长白山是我国少见的、比较典型的火山地貌区域.保护区最高峰海拔2770米,为东北地区第一峰.区内分布着河谷、沼泽、台地、山坡、高原、高山湖泊、火山口等地貌类型.复杂的生境条件,构成了植物分布的垂直地带性和多样性.据调查,区内分布有野生植物2540多种,野生动物364种,其中东北虎、梅花鹿、中华秋沙鸭、人参等动植物为国家重点保护的物种,这在整个东地区是非常少见的.丰富的自然资源、得天独厚的自然环境,使长白山成为一座天然的自然博物馆.该保护区的建立不仅在生物多样性保护方面具有极为重要的意义,而且在开展科学研究、教学实习和旅游等方面也具有非常重要的意义.