A、金刚石和石墨是由同种碳元素组成的不同的单质．故A错误；
B、金钢石、石墨里碳原子排列不同，是物理性质有很大差异的原因．故B正确；
C、金刚石、石墨都是由碳元素组成的不同的单质．故C错误；
D、金刚石、石墨都是一种物质组成的，属于纯净物．故D错误．
故选：B．