氨肽酶法：氨肽酶是一类肽链外切酶或叫外肽酶,能从多肽链的N端逐个地向里切.根据不同的反应时间测出酶水解释放的氨基酸种类和数量,按反应时间和残基释放量作动力学曲线,就能知道该蛋白质的N端残基序列.
羧肽酶法：是一类肽链外切酶,专一的从肽链的C―末端开始逐个降解,释放出游离的氨基酸.被释放的氨基酸数目与种类随反应时间的而变化.根据释放的氨基酸量（摩尔数）与反应时间的关系,便可以知道该肽链的C―末端氨基酸序列.