经过高温处理,其目的是将SDS 与蛋白质充分结合,以使蛋白质完全变性和解聚,并形成棒状结构同时使整个蛋白带上负电荷；SDS 可以断开分子内和分子间的氢键,破坏蛋白质分子的二级和三级结构,从而只根据分子量大小的不同导致跑胶的速度不同,排除了因空间结构的不同所造成的误差
高温同样起到了灭活蛋白酶的作用