A、DNA主要分布在细胞核中，而RNA主要分布在细胞质中，A错误；
B、构成DNA的五碳糖是脱氧核糖，构成RNA的五碳糖是核糖，B正确；
C、核苷酸之间的连接方式相同，都是通过磷酸二酯键相连，C错误；
D、构成DNA和RNA的碱基不完全相同，前者是A、C、G、T，后者是A、C、G、U，D错误．
故选：B．