由题意，分子是构成物质的粒子之一，而构成分子的粒子是原子；而原子是由原子核和电子构成的；原子核由中子和质子构成．所以分子是构成物质的粒子之一，而构成分子的粒子是原子．所以，C正确，A、B、D错误．
故选：C．