梯度PCR多半是为第一次使用某条引物,为了摸索最佳退火条件设定的.拿到引物的时候,会得到建议的Tm值,两条引物不同,你可以换算出一个退火温度.但是这个退火温度不一定是最佳反应条件,所以可以设定退火的梯度,最常用的是10C,这样每一个反应是一个退火温度,最后电泳可以观察到,在哪一个退火温度下,PCR产物产量和特异性都有保证.这样后面就可以选这个温度进行试验.
但是对于已经有最佳条件的引物,或是反应体系,是不需要做梯度PCR的.