根据意思分析：
检查并确定所有的门都已经关上,所有的灯也已经关上之后,这个孩子打开了自己卧室的门.
如果用其他几个选项,就成了……并且弄清为什么（什么时候、在哪里）灯被关上后…….这样的句子是不是有些不合情理?
从结构上分析,having后省略了that(加上也可以）,后面是一个宾语从句,只不过省略了引导词that,所以这个宾语从句的并列结构,即第二个宾语从句也应该是that引导的宾语从句（所谓的平行结构问题）