A、红果番茄作为品种应为纯合体，在栽种红果番茄的田地里发现一株黄果番茄，说明在果实颜色这一性状中出现了前所未有的表现类型，并且性状的变异率比较低，可以认为是发生了基因突变，A正确；
B、发生染色体畸变往往会引发多个性状改变，B错误；
C、基因重组引起的变化仅发生在一个个体上的可能性很小，C错误；
D、根据本题条件，环境条件引发的变化也不能仅出现在一个个体上，D错误．
故选：A．