A、蓝藻属于原核生物，原核细胞中没有线粒体，A错误；
B、在线粒体基质中进行的有氧呼吸的第二阶段能够产生ATP，但是该阶段不需要氧气参与，B错误；
C、ATP分子由1个腺嘌呤、一个核糖和3个磷酸基团组成，C错误；
D、肌细胞收缩需要消耗ATP，因此伴随着ATP与ADP的相互转化，D正确．
故选：D．