A、在白天和夜晚的相同时间内，棉苗的吸水量有差异是由蒸腾作用造成的，与细胞呼吸强度无关，A错误；
B、Ca²⁺的运输方式是主动运输，需要呼吸作用产生的能量，而白天和夜晚温度不同，细胞呼吸强度不同，提供的能量不同，造成棉苗对Ca²⁺吸收量的差异，B正确；
C、在白天相同的时间内，棉苗吸收K⁺的量与吸收Ca²⁺的量有差异是由于细胞膜上不同载体的数量不同造成的，C错误；
D、在白天相同的时间内，棉苗吸收水的量与吸收Ca²⁺的量有差异是由于两者的运输方式不同造成的，吸水的方式是自由扩散，吸收Ca²⁺的方式是主动运输，D错误．
故选：B．