A、性激素属于脂质，不是由基因直接指导合成的，A错误；
B、胰岛素属于蛋白质，是基因直接指导合成的，B正确；
C、维生素D属于脂质，不是由基因直接指导合成的，C错误；
D、肝糖原属于糖类，不是由基因直接指导合成的，D错误．
故选：B．