A、基因绝大多数在染色体上，A错误；
B、染色体是基因的主要载体，基因在染色体上呈线性排列，B正确；
C、一条染色体上有多个基因，C错误；
D、染色体主要由DNA和蛋白质组成，基因是有遗传效应的DNA片段，D错误．
故选：B．