A、细胞亚显微结构指在电子显微镜下才能看到的细胞结构．基粒和核孔直径微小，只能在电子显微镜下才能看到．故A正确．
B、液泡和叶绿体是细胞器 能通过光学显微镜观查．故B错误．
C、细胞核和染色体可以在光学显微镜下看到．故C错误．
D、细胞壁和细胞膜都是大分子结构，显微镜下最容易发现．故D错误．
故选A．