室温下0.1mol/LNaX溶液中pH=9，则c（H⁺）=10^-9mol/L，所以c（OH^-）=10^-5mol/L，其水解方程式为X^-+H₂O⇌HX+OH^-，根据水解方程可知生成的氢氧根离子浓度等于发生水解反应的X^-，所以发生水解反应的c（X^-）=c（OH^-）=10^-5mol/L，则该溶液中发生水解反应的X^-占全部X^-的

10−5mol/L

0.1mol/L

×100%=0.01%，
故选：D．