A、实现物质循环至少具备生产者和分解者，由题干信息可知，泥浆生物反应器中，只加入了分解者，因此不能实现物质循环，A错误；
B、由题干信息可知，菌种进行有氧呼吸分解污染物，因此污染物应是有机物，B正确；
C、生态系统的组成有非生物的物质和能量、生产者、消费者、分解者组成，由题意可知，泥浆生物反应器中只有非生物的物质和能量、分解者，不能构成生态系统，C错误；
D、泥浆生物反应器中的有机物中的能量是能量的输入，菌种利用有机物中的能量进行繁殖和呼吸，属于能量的转换和散失，该过程没有能量的传递过程，D错误．
故选：B．