生物学染料根据化学性质划分为：碱性染料、酸性染料和中性染料.碱性和酸性染料的划分依据在于染料分子电离后的主要有色成分是阳离子还是阴离子,若染料分子电离后,有色离子为阳离子即为碱性染料,若有色离子为阴离子即为酸性染料,而中性染料则是由碱性染料和酸性染料混合后配制的,也称复合染料.
酸性（碱性）染色剂的界定并非由染料溶液的pH值决定的,而是根据染料物质中助色基团电离后所带的电荷来决定.一般来说,助色基团带正电荷的染色剂为碱性染色剂,反之则为酸性染色剂.
碱性染料通常能电离出无色的阴离子和有色的阳离子,如龙胆紫、亚甲基蓝、美蓝等；酸性染料通常能电离出一些无色的阳离子和有色的阴离子,如伊红、苦味酸、健那绿等.