两个都对.
一般来说,时态要一致,在你的例子里就是前面thought是过去式,后面的were也是用的过去式.
但是,后面如果讲的是一个事实,真理之类的,就可以用一般现在时,也可以跟着前面变,都对.但问题是比如我不是中国人，后来我跟他说我是美国人。。然后他说了一句i thought you are chinese。是不是语法错了？在这种情况下也不错，也可以用are。定并不是事实呀，你不是说真理什么的才可以用现在时吗我举个更明显的例子你就明白了：I thought the moon is bigger than the earth.我（之前）以为月亮比地球大呢。虽然“the moon is bigger than the eath”是不对的，但说话者是想表达一个事实，所以用is绝对正确。