A、病毒没有细胞结构，不属于生命系统结构层次，A错误；
B、一个受精卵就是一个细胞，因此属于细胞层次，B正确；
C、一个洋葱属于生命系统结构层次中个体层次，C错误；
D、一个蜂巢属于生命系统结构层次中生态系统层次，D错误．
故选：B．