A、ATP可以在线粒体和叶绿体中产生，也可以在细胞质基质中产生，A错误；
B、mRNA可以在真核细胞的细胞核中产生，也可以在线粒体和叶绿体中产生，还可以在原核细胞的拟核中产生，B错误；
C、过氧化氢酶的本质是蛋白质，只能在核糖体上产生，C正确；
D、二氧化碳可以在线粒体中产生，也可以在细胞质基质中产生，D错误．
故选：C．