这几个问题非常典型,是在考查对it的所有用法是否熟悉.
it的用法包括：构成强调句、当主语表点时间、当主语表段时间.（it的其他用法在你的各例句中未涉及,所以先不提了）
你给出的第一个例句,是在说：这是John第3次迟到了.看得出来,说话人对“第3次”十分在意,想特意突出一下.在汉语中,如果想特别突出一个数字,我们可能会在说这个数字的时候特意拔高语调以引起重视,不过在书面表达中并没有一个特定的句型；而英语句John has been late the thrid time.是个平铺直叙的句子,若想特别突出其中的细节“第3次”,就有一个专门的句型,这个句型就是It is ...that .句型.所以,你的第1个例句中that引导 的不是定语从句.
第2句,it是主语,是在表段时间,意思是说：从我上次见她到现在,有差不多10年时间了.
第3句,to the park是介词短语,介词to表去向.
第4句,under the desk是表语,整个句子是主系表结构.
希望对你有所帮助.