A、缺氮培养基含有有机碳源，不能筛选硝化细菌，放线菌是原核生物不能生存在含青霉素的培养基上，根瘤菌是异养需氧型微生物，不能在含氨的无机培养基生存，A错误；
B、根瘤菌属于共生固氮菌，不能在缺氮培养基上生存，B错误；
C、放线菌是原核生物不能生存在含青霉素的培养基上，C错误；
D、圆褐固氮菌是自生固氮微生物可以在缺氮培养基上生存，酵母菌是真菌，可以在含青霉素培养基上生存，含氨的无机培养基只能用来筛选自养微生物硝化细菌，D正确；
故选：D．