It seems itis going to rain 正确..be going to （有表明某种迹象的意思 ,这里表明即将要下雨的迹象）
It seems it rains 表达错误（似乎要下雨肯定是将来要下雨,不可能似乎经常要下雨）
It seems it will rain （表示客观上将来势必发生的事情）