By bus就是你要用这个交通工具
In the bus,就是在车里面,也就是在坐车的意思
On the bus,用的不多,直译好像坐在车顶上一样,不合情理
而且原句个人认为没有必要加 by
直接说 the bus that he used to go to school everyday is red.就好.