A、番茄果肉富含丰富的营养物质，属于营养组织．故不符合题意．
B、黄瓜叶表皮是由表皮细胞构成的一个细胞群，具有保护作用，属于保护组织．故不符合题意．
C、洋葱表皮是由表皮细胞构成的一个细胞群，具有保护作用，属于保护组织．故不符合题意．
D、种子是六大器官之一，玉米种子是由不同的组织构成的，属于器官．故符合题意．
故选：D．