A、公鸡和老鹰不是同种动物，因此公鸡和老鹰羽毛的颜色不同不属于变异，A不正确；
B、一棵树上的果实颜色、大小不同体现了子代个体间在性状上的差异，B正确；
C、蝗虫的体色夏天是绿色，秋天是黄色是同一个个体的颜色变化，因此不属于变异，C不正确；
D、蝇的幼体和成体有明显差异，是生物的生长发育现象，不属于变异，D不正确．
故选：B．