实际上第一句话按你的理解,严格的说,应该用将来进行时的,when he will come is not known.（不知道他什么时候要来）
这里的主语从句中的时态是由句子意思来决定的.如果是when he came is not known.意思就是不知道他什么时候来的（已经来了）
既然这里用的是一般现在时,可以理解为不知道他来的时间（来没来不是很清楚,只是一般状况）
所以这根本不是when 的特殊用法,只是看句子具体指的是什么意思