A、得到的产物为绿色物质不是绿色化学的核心．故A错误；
B、大分子物质分解为小分子物质与绿色化学无关．故B错误；
C、参与化学反应的原子全部转化为期望的最终产物是绿色化学的核心．故C正确；
D、参与化学反应的原子全部重新组合成无毒的物质，不是最理想的化工生产方式．故D错误；
故选C．