都是DNA,但
位置不同：拟核DNA在拟核；质粒DNA在拟核之外
分子量不同：拟核DNA大；质粒DNA小
作用不同：拟核DNA是细菌的主要遗传物质,包含细菌生命活动的遗传信息,没有了它细菌就无法存活、繁殖；质粒DNA是附加的遗传物质,使细菌表达一些特殊的形状,没有了它细菌依然可以正常生活、繁殖.