你可以把is 和what 分开来看is（是……）what在is之后,引导一个宾语从句,即people see the……
这时,整个句子就是honesty comes in many forms,first there is self-honesty,is/ what people see the real artical or do you appear through smoke and mirrors?这里的is what…… 和后面的do you……都构成一般疑问句式
我确实不知道你整篇文章的主旨是什么,大概译为：
诚实可呈现为多种形态（形式）,第一种就是自我的诚信意识,人们是真正看到了事物的本质了吗?或者你也出现在了骗局之中?（大概的意思可能是作者让读者自问 是不是真的了解事物的本质,还是本来不了解,但是却有自欺欺人的行为） smoke and mirrors是 欺骗别人的常用语,smoke——烟雾是迷朦的象征,mirror——镜子,反映出来的虚幻的东西.