聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）法是采用聚合酶链式反应（PCR）扩增目的DNA片段,然后将待检测的DNA片段用限制性内切酶酶切,限制性内切酶识别并切割特异的序列,然后将酶切后的产物进行电泳,再由限制酶图谱（restriction map）分析此段序列的特异切位点,藉由片段的多样性来比对不同来源基因序列的差异性.
简而言之,就是先PCR扩增相应目的片断,而后进行限制性内切酶切反应,电泳后观察比较限制性图谱来分析序列之间的差异.