A、用限制性核酸内切酶切割一个DNA分子中部，获得一个目的基因时，需要切割目的基因的两侧，因此要断裂4个磷酸二酯键，A错误；
B、限制性核酸内切酶识别序列越短，则该序列在DNA中出现的几率就越大，B错误；
C、-CATG↓-和-G↓GATCC-序列被限制酶切出的黏性末端均为CATG，碱基数均为四个，C正确；
D、不同的限制性核酸内切酶切割也可能形成相同的末端序列，因此不同限制酶处理含目的基因的片段和质粒，也能形成重组质粒，D错误．
故选：ABD．