绿色大都是因为存在叶绿体,南瓜等瓜果、花呈黄色是因为含有叶绿体的姐妹——有色体所致,而一些叶子、花呈紫色、深红色是因为胞质里溶有花青素（苹果和辣椒的红是因为有色体）.
黑色素大概是在细胞质中溶解着.