Where are the pencils in the pencil case.
意思是：铅笔盒里的铅笔到哪儿去了?
Where是一个疑问词,在疑问句中,疑问词肯定是放在句首,然后是要把句子中的谓语动词（此句中是are)前置,放在疑问词的后面,其他地方语序不变.