我觉得不用吧 计算Tm和退火不是算的双链部分的嘛
不用计算附加碱基,如果要调整PCR的特异性,只是提高退火温度就好了,这个提高不是以附加碱基为基础的.克隆实验倒是无所谓,如果你是要在附加碱基中加入一个小Tag等比较长的片段,计算了附加碱基,就有可能扩增不出来.
下面的链接有详细的讨论,楼主可以去参考下