A、同源染色体上一般存在等位基因，等位基因的区别就是碱基的序列不同，A正确；
B、同源染色体上的DNA分子之间的碱基互补方式都是A=T、G≡C配对，B错误；
C、同源染色体上的DNA分子之间的

A+C

G+T

的比值都等于1，C错误；
D、同源染色体上的DNA分子之间碱基种类都是A、C、G、T，D错误．
故选：A．