区别在于：
（1）哲学物质范畴是对物质的客观实在性这一共性的概括,而自然科学的理论是在一定历史阶段人们关于物质的具体形态、属性、结构的一定层次的认识.两者是共性与个性的关系.
（2）哲学物质范畴关于物质客观实在性是不变的.而自然科学理论是可变的,是不断发展的.
联系在于：指导与基础的关系.
哲学物质范畴对自然科学关于物质形态结构、属性的理论的研究具有指导作用,而自然科学理论为哲学物质范畴的概括提供了材料.