首先我们要明确in的意思,in就是“在里面,从里面”,本句话的意思是"我爸爸喜欢看书,书里面是英雄与他们的敌人作战的故事".如果改为which,就是书是故事,这样很不合逻辑.
另外,in which 充当状语,一般状语是要加介词的,所以要用in,不能直接用which.