1 有时由碱基的罕见构象造成.正常情况下,碱基以酮式构象出现,但非常偶然的情况下,可以以亚胺或烯醇构象出现（当然,这两种都是非常不稳定的构象,所以罕见）.如正常情况下C应该和G配对,但C以亚胺构象出现时,却和A配对.四种碱基都有不稳定构象,配对属性也发生变化.当DNA复制进行到某碱基处,该碱基正好以亚胺或烯醇构象出现的话,错误就发生了.
2 某些细胞代谢产物具有诱变功能.
3 DNA复制时的环出效应造成子链移码突变.
以上均为自发突变.还会有诱变.