what在从句中作宾语,具体分析如下：
I wonder what he is doing now.
I主语 wonder谓语 what he is doing now宾语
宾语是句子,所以是宾语从句
从句中：
what做do的宾语 he主语 is doing谓语 now时间状语
be doing是现在进行时的构成,所以is doing是一起作谓语的