“普通的基因测序”应该是指“常规DNA测序”吧,是用Sanger法（也就是双脱氧法）进行测序的方法,目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 进行的自动测序,基本上可以做到600bp-800bp的读长.
高通量测序的概念其实是一个相对的概念,在2000年的时候,3700、MegaBace等仪器上的测序也是高通量测序,是相对手工测序或者跑平板胶来说的.
不过到2005年以后,高通量测序就改指第二代测序（Next generation sequencing）,454、Solexa(后改为Illumina）和SOLiD等第二代测序,比3730等第一代测序的通量提高了成千上万倍,甚至上亿倍,所以称为高通量测序.
NGS的特点主要有：
1、通量高,一个RUN能产生500Mb-600Gb的数据量
2、读长相对较短,454(约400-500bp),Illumina（100-250bp）,SOLiD（75-100）
3、单位数据的成本非常低,现在很多项目测序的费用,已经非常低,生物信息分析成本变得更为重要了.