A、变形虫是动物，水绵属于低等植物，香菇是真菌，细胞结构差异较大，A错误；
B、烟草是植物，草履虫是动物，大肠杆菌是原核生物，细胞结构差异较大，B错误；
C、小麦、番茄、大豆都是植物，细胞结构最相似，C正确；
D、酵母菌、灵芝是真菌，豌豆是植物，细胞结构差异较大，D错误．
故选：C．