从分子结构上看一个为盐酸根另一个为硫酸根；从临床上盐酸氨基葡萄糖中的氯离子对胃肠道有刺激作用,为了减少这种刺激服用时要求饭后服用而硫酸氨基葡萄糖没有这种情况；从长期服用安全性的角度上长期服用含大量氯离子的盐酸氨基葡萄糖不但对胃肠不利而且对肝肾容易造成损害,硫酸氨基葡萄糖中的硫酸根离子是人体内蛋白合成的参与者故无副作用.