A、组成蛋白质的氨基酸没有空间结构的差异，不是蛋白质多样性的原因，A正确；
B、组成蛋白质的氨基酸种类和数量不同是蛋白质多样性的原因，B错误；
C、组成蛋白质的氨基酸排列顺序不同是蛋白质多样性的原因，C错误；
D、蛋白质空间结构不同是蛋白质多样性的原，D错误．
故选：A．