有氧呼吸过程在线粒体进行中进行的是：第二和第三阶段.
第二阶段是第一阶段形成的丙酮酸与水反应生成二氧化碳,同时生成还原氢；
第三阶段是前两个阶段形成的还原氢与氧反应生成水,同时释放出大量的ATP.