A、根据题意，缺失了一个基因，即缺失一个染色体小片段，属于染色体结构变异，A正确；
B、基因重组有自由组合和交叉互换两类．前者发生在减数第一次分裂的后期（非同源染色体的自由组合），后者发生在减数第一次分裂的四分体（同源染色体的非姐妹染色单体的交叉互换），B错误；
C、基因突变是指缺失一个碱基，C错误；
D、基因重组形成新的基因型，基因突变形成新的基因，D错误．
故选：A．