凝胶过滤层析是根据分子大小不同从而实现分离,所以它的分子筛效应是大分子进不去先出去,小分子后出去.而凝胶电泳是根据带电分子在电场中受力不同以致移动速度不同从而实现分离,所以它的分子大小适中都可以进进入层析柱中的空隙.